MILF berpecah dari MLF (Moro Liberation Front) apabila Nur Misuari menandatangani perjanjian
Tripoli pada tahun 1976. Sebelum itu Ustaz Selamat Hashim adalah orang kedua dalam MLF.
Perdamaian antara MLF dan Kerajaan Filipina telah memberi masa bagi MILF
memperkuatkan barisan.
Pada September 1997, Kerajaan Filipina menawarkan perundingan damai kepada
MILF. Syarat perdamaian MILF adalah kerajaan mengiktiraf 13 kem utama dan 48
kem satelit mereka. Ini tidak dipersetujui oleh kerajaan. MILF juga
mendapati bahawa setiap kali kerajaan menawarkan rundingan atau berunding,
setiapkali itu juga serangan terhadap MILF dilancarkan. MILF tidak meyakini
keikhlasan kerajaan Filipina.
Di kem-kem MILF undang-undang syariah dilaksanakan. Kem MILF ini bukan
penempatan tentera semata-mata tetapi suatu penempatan orang Islam termasuk
institusi pendidikan.
Pada April 27, satu perjanjian dipersetuju berkenaan pembinaan lebuhraya
yang melalui Kem Abu Bakar As-Siddiq (Kem terbesar MILF).
Kini, sejak pengambilan tebusan di Sipadan, Kem Abu Bakar dibom setiap
hari. Kerajaan menggunakan isu pembukaan lebuhraya sebagai alasan. Pada hari
Isnin, 15 Mei 2000, MILF telah berundur 1km daripada lebuhraya itu untuk
mengurangkan pengeboman dan penderitaan orang awam. Tetapi pengeboman masih
tidak reda. Sehingga (17 Mei), Kem Abu Bakar masih dibom.